Quang Toản lên kế ngôi khi tuổi còn nhỏ, không có khả năng nắm việc triều chính. Lấy Quang Thùy làm Khang công, Tiết chế các doanh Thủy bộ ở bắc biên, Quang Hãn làm Tuyên công, coi việc ở Thanh Hóa, Nguyễn Văn Huấn và Lê Trung quản trấn Nghệ An. Vũ Văn Dũng, Nguyễn Văn Dụng, Nguyễn Văn Danh, Ngô Văn Sở, Lê Xuân Tài, Chu Ngọc Uyển, Nguyễn Công Tuyết trấn giữ Bắc Thành. Ở tại triều đình, Bùi Đắc Tuyên làm Thái sư quản đốc, cùng với Vũ Văn Dũng ở Thăng Long, là những người nắm quyền hành trên thực tế vào lúc đó. Các quan phụ chính còn có thêm Phạm Công Hưng, Trần Văn Kỷ, Trần Quang Diệu...[4] Do Quang Toản tuổi còn nhỏ, chỉ thích chơi đùa, nên Bùi Đắc Tuyên được thế tác oai tắc phúc, làm điều bừa bãi, trong ngoài đều oán ghét.

Nguyễn Nhạc ở Quy Nhơn nghe tin Nguyễn Huệ đã chết, bèn đem 300 người liêu thuộc cùng với em gái đến hỏi thăm, nhưng khi đến địa giới Quảng Ngãi thì bị quân Nguyễn Huệ ngăn trở, phải trở về, chỉ cho một mình em gái tới viếng[5]. Năm 1793, Nguyễn Ánh cất quân từ Gia Định tấn công Quy Nhơn, quân Nguyễn Nhạc tan vỡ. Nhạc khi đó đang bị bệnh, gửi thư đến Phú Xuân cầu cứu. Cảnh Thịnh sai Thái úy Phạm Công Hưng, Hộ giá Nguyễn Văn Huân, Tư lệ Lê Trung, Đại Tư mã Ngô Văn Sở đem 17.000 quân, 80 thớt voi, Đại thống lĩnh Đặng Văn Chân đem 30 chiếc thuyền, chia làm 5 đạo chi viện Quy Nhơn, quân Nguyễn bèn rút về. Các tướng Tây Sơn vào thành, thu lấy hết áo giáp, vũ khí và chiếm luôn thành. Nguyễn Nhạc giận, thổ huyết mà chết, làm vua được 15 năm.

Thế là hai nhánh nhà Tây Sơn được thống nhất về một mối. Cảnh Thịnh phong cho con Nhạc là Nguyễn Bảo làm Hiếu công, cắt huyện Phù Ly[Ghi chú 1]để làm ấp ăn lộc, gọi là Tiểu triều. Nguyễn Bảo có ý không bằng lòng, về sau năm 1798, Nguyễn vương bắc phạt, gửi thư dụ Bảo đầu hàng. Cảnh Thịnh được tin, bắt Bảo về Phú Xuân, cho trấn nước đến chết.